De term beschrijft mensen van wie de geslachtskenmerken (zie: Geslachtskenmerken) niet binnen de klassieke tweedeling M/V vallen. Waar de term DSD een medische definitie geeft, benadert de term intersekse de bestaande variaties in geslachtskenmerken meer vanuit een maatschappelijke en sociale blik. De term legt de nadruk op het feit dat een intersekse variatie een natuurlijk voorkomend fenomeen is, en dat personen met een intersekse lichaam geen medische operaties nodig hebben 'ter correctie'. Intersekse variaties zijn simpelweg variaties waarbij het lichaam van een persoon niet volledig past binnen wat wij cultureel als typisch mannelijk of typisch vrouwelijk zien. Ze maken deel uit van het brede geslachtskenmerkenspectrum. 

De tegenhanger van intersekse is endosekse (Zie: Endosekse).