Genderincongruentie is een gevoel van ongemak of ontevredenheid dat iemand kan ervaren als de genderidentiteit niet overeenkomt met het toegewezen geslacht bij de geboorte. 

• Genderincongruentie kan ook verwijzen naar het gevoel dat de uiterlijke kenmerken niet passen bij hun ervaren of gewenste genderidentiteit.  
• Het wordt vaak als synoniem gebruikt voor genderdysforie, maar beide begrippen verschillen subtiel van elkaar. Genderdysforie benadrukt het lijden en de stress die komt kijken bij het gebrek aan overeenkomst tussen het toegewezen geboortegeslacht en de genderidentiteit. Niet elke persoon die genderincongruentie ervaart, lijdt hier onder.  
• Zowel genderincongruentie als genderdysforie worden vaak als diagnose gebruikt binnen transgenderzorg. De reden om dit als diagnosetermen (wel niet langer als mentale stoornis, maar als een gezondheidsgerelateerde conditie) op te nemen, is om de terugbetaling van transgenderzorg te waarborgen.